ไฟฟ์ไนตส์แอตเฟรดดี้ส์: Security Breach เป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นในห้างสรรพสินค้าขนาดใหญ่ที่รู้จักกันในชื่อ เฟรดดี้ ฟาซแบร์ส เมกะพิซซาเพล็กซ์ ซึ่งภายในนั้นมีมาสคอตเป็นหุ่น แอนิมาทรอนิก อยู่ได้แก่ Glamrock Freddy, Glamrock Chica, Montgomery "Monty" Gator และ Roxanne "Roxy" Wolf ขณะที่เหล่าแอนิมาทรอนิกส์กำลังแสดงโชว์ให้ผู้ชมในห้าง จู่ๆ เฟรดดี้ก็เกิดอาการขัดข้องและล้มลงไปกับพื้น ทำให้ต้องจบการแสดงลง หลังจากนั้น เฟรดดี้ถูกพาตัวไปที่ Rockstar Row และพบว่าเด็กหนุ่มชื่อ Gregory ได้แอบเข้ามาซ่อนตัวอยู่ในช่องท้องของเขา หลังจากนั้น วาเนสซา เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยหญิงและเป็นพนักงานเพียงคนเดียวในตอนกลางคืน จึงสั่งให้แอนิมาทรอนิกส์และหุ่นยนต์พนักงานทั้งหมด ค้นหาตัว Gregory

ผลจากความผิดปกติทางระบบของเฟรดดี้และความกลัววาเนสซา จึงทำให้เฟรดดี้ไม่เชื่อฟังคำสั่งของเธอและพา Gregory ไปที่ล็อบบี้แทนเพื่อช่วยเขาหลบหนี มีเสียงประกาศว่าห้างเมกะพิซซาเพล็กซ์แห่งนี้กำลังจะปิดประตูลง Gregory รีบวิ่งไปถึงที่ทางออกห้างแต่เขากลับออกไปไม่ทันเวลาทำให้เขาถูกขังไว้ในห้างทั้งคืนจนกว่าห้างจะเปิดอีกครั้งในตอนเช้า ในช่วงที่ถูกขังอยู่ในห้าง เฟรดดี้ช่วย Gregory เอาชีวิตรอดและนำทางเขาผ่านพิซซาเพล็กซ์ หลังจากที่ทั้งสองหลบหนีจากวาเนสซ่าและแอนิมาทรอนิกส์ พวกเขาเข้าไปหลบภัยในสำนักงานรักษาความปลอดภัย Gregory จึงสามารถเข้าถึงระบบเฝ้าระวังของห้างสรรพสินค้าได้ เพื่อเข้าถึงบางส่วนของห้างสรรพสินค้า Gregory พยายามได้รับป้ายรักษาความปลอดภัยระดับสูงจากสถานรับเลี้ยงเด็กของห้างสรรพสินค้า โดยเผชิญหน้าหุ่น "พระอาทิตย์" มีชื่อว่า Sun ขณะอยู่ในสถานรับเลี้ยงเด็ก ไฟฟ้าเกิดดับทำให้ Gregory ต้องเผชิญหน้ากับหุ่นอีกตัวที่ดูเหมือนพระจันทร์ชื่อว่า "Moon" ซึ่งเป็นร่างอีกร่างของ Sun ที่ดุร้ายขึ้น Gregory จึงต้องย่องไปเปิดเครื่องปั่นไฟทั้งหมดที่อยู่รอบๆสนามเด็กเล่นโดยไม่ให้ถูกจับได้ หลังจากเปิดไฟได้สำเร็จ Sun ตัดสินใจที่จะนำ Gregory ออกไปจากสถานที่รับเลี้ยงเด็กเพราะเขาไปปิดไฟโดยไม่ได้รับอนุญาตถึงแม้ Gregory จะไม่ได้เป็นคนทำก็ตาม จากนั้นมันจึงแจ้งเตือนแอนิมาทรอนิกส์เกี่ยวกับตำแหน่งของ Gregory แล้วเฟรดดี้ก็ไปช่วยเขาไว้ได้ทัน

หลังจากนั้นไม่นาน Gregory ก็ถูกจับโดย Vanessa และต่อมาจึงถูกนำไปขังอยู่ในห้องปาร์ตี้ ทันใดนั้น แวนนี่ หญิงสาวในชุดกระต่ายก็ค่อยๆเดินเข้ามาหาเขาอย่างน่าขนลุก แต่เขาก็หลบหนีไปได้และกลับมารวมตัวกับเฟรดดี้อีกครั้ง ทั้งสองเข้าไปในห้องใต้ดิน แต่ได้พบกับ Moon ซึ่งตั้งใจมาโจมตีพวกเขา Moon ได้จับเฟรดดี้ไป Gregory จึงต้องเดินทางเพียงลำพังไปทั่วทั้งห้องใต้ดินและยังต้องหลบเลี่ยง เอ็นโดสเกเลตัน ที่เคลื่อนไหวได้ ก่อนที่จะพบว่า เฟรดดี้กำลังถูกสอบปากคำโดยวาเนสซา โดยถูกกล่าวหาว่าเขาเป็นผู้สมรู้ร่วมคิดกับ Gregory หลังจากที่วาเนสซาออกไปจากห้อง Gregory ได้ซ่อมแซมเฟรดดี้ และเริ่มทำลายและต่อสู้ๆกับแอนิมาทรอนิกส์ตัวอื่นๆ เพื่อนำชิ้นส่วนมาใช้ในการอัพเกรดเฟรดดี้

ไม่นานหลังจากการอัพเกรดเฟรดดี้เสร็จสมบูรณ์ เวลาก็ถึงหกโมงพอดี และประตูห้างสรรพสินค้าก็เปิด แต่วาเนสซาขอให้ Gregory มาพบเธอเพื่อมอบรางวัล ซึ่งเป็นบันทึกต่างๆ ของวาเนสซาและบุคคลที่ไม่รู้จักที่กำลังเข้ารับการบำบัด จากนั้น Gregory ก็เหลือทางเลือกว่าจะออกจากห้างสรรพสินค้าเลย หรือว่าจะอยู่ต่อเพื่อสำรวจความลับของห้างสรรพสินค้าต่อไปและพยายามไขปริศนาที่เหลืออยู่ หรือว่าจะเผชิญหน้ากับ แวนนี่ ซึ่งเป็นสาเหตุต่อคดีเด็กหายหลายคดีภายในห้างสรรพสินค้า

เกมนี้มีตอนจบที่แตกต่างกัน 6 แบบ ซึ่งแต่ละตอนจบจะขึ้นอยู่กับการกระทำของ Gregory ตลอดทั้งเกม และวิธีการที่เขาออกจากห้างสรรพสินค้า ตอนจบโดยเฉพาะอย่างหนึ่ง - รู้จักกันในชื่อตอนจบ "Burntrap" - เป็นการต่อสู้กับบอสแอนิมาทรอนิกที่รู้จักกันในชื่อ Burntrap ก่อนที่ Gregory จะพ่ายแพ้ในที่สุด นอกจากนี้ยังเผยให้เห็นซากของร้านพิซซา Freddy Fazbear's ในอดีตที่ถูกฝังอยู่ใต้ห้างสรรพสินค้าเมื่อหลายปีก่อน ตอนจบอีกแบบหนึ่งซึ่งรู้จักกันในชื่อตอนจบของ "Princess Quest" ทำให้ Gregory ได้เรียนรู้ว่า วาเนสซา และ แวนนี่ เป็นคนคนเดียวกัน หลังจากการเผชิญหน้าครั้งสุดท้ายใน Fazerblast Gregory สามารถช่วย วาเนสซา ได้ และทั้งสามคนได้ออกจากห้างสรรพสินค้าด้วยกัน